CPUなどのPCパーツは、基本的に性能が高くなるほど発熱量が大きくなるため、高性能なパーツを搭載するには高い冷却性能が求められます。
本体が大きいためデスクトップ型は排熱がしやすく、冷却性能が高いファンも取り付け可能なので、高性能なパーツを搭載することが可能です。
これに対し、コンパクト性が求められるノート型は実現可能な冷却性能に限界があるので、搭載できるパーツも限られます。
搭載できる電源ユニットも限られるので、基本的には低発熱かつ省電力のパーツで構成されています。
性能に対するコスパが悪いのもデメリットのひとつです。
デスクトップ型の場合、基本的には汎用パーツが使えるので価格を抑えることができますが、ノート型の場合は独自設計のパーツが使われていることが多いため、価格はどうしても高くなります。
加えて、モニター・キーボード・マウスパッドを本体に集約する必要があるため、同程度のグレードで比べるとデスクトップ型よりも価格が高くなる傾向にあります。
カスタマイズ性が低いという側面もあります。
デスクトップ型の場合、パーツの追加や交換が容易なので、購入後に性能に不満が出たり不具合が生じたりしてもパーツの追加や交換で対応することが可能です。